Sistem SEF razlikuje primaoce faktura i samim tim i različito automatsko postupanje u slučaju da se iz subjekata privatnog ili javnog sektora ne izjasne po fakturi:
- ako primalac elektronske fakture koji je subjekt javnog sektora ne prihvati ili ne odbije elektronsku fakturu izdatu od strane izdavaoca elektronske fakture, elektronska faktura se po isteku roka od 15 dana smatra prihvaćenom.
- ako primalac elektronske fakture koji je subjekt privatnog sektora ne prihvati ili ne odbije elektronsku fakturu izdatu od strane izdavaoca elektronske fakture po isteku roka od 15 dana, biće ponovo obavešten da je elektronska faktura izdata i dobiće dodatni rok od 5 dana za izjašnjenje po fakturi. Nakon isteka tog roka, elektronska faktura se smatra odbijenom.
Kada račun bude odbijen, račun nije moguće naknadno prihvatiti, što znači da se mora izdati nov avansni račun pod novim brojem.
Tek po prihvatanju avansnog računa moguće je izdati konačni račun, ili se faktura u obliku konačnog računa može poslati odmah bez prethodnog izdavanja avansnog računa ukoliko su za to ispunjeni, Zakonom o elektronskom fakturisanju (“Sl. glasnik RS”, br. 44/21, 129/21, 138/22), propisani uslovi (u istom poreskom periodu je izvršena usluga, plaćanje i izdat račun, nije potrebno izdati avansni račun a onda konačni račun, već je dovoljno izdati samo račun – konačni).